L’histoire enfouie dans notre ADN

  Le lecteur pressé sera peut être effaré de la longue liste en bleu qui suit : c'est l'objet de cet article. Il y a une sorte de révolution dans les méthodes d'analyse de notre ADN que je tenais à présenter. Le séquençage dit de « nouvelle génération » et quelques astuces permettent aujourd'hui de séquencer un gros morceau du chromosome Y pour un prix compris entre 500 et 900 euros selon la précision. Cela aboutit à une connaissance de nombreux SNP (single nucleotide polymorphism) et un individu qui a son chromosome Y séquencé obtient un arbre du type ci-dessous que j'ai simplifié aux parties anciennes (explication à suivre).

Le premier but de ce texte est d'expliquer ces arbres SNPs, c'est à dire ce qu'il faut en comprendre et savoir que ce type d'information est maintenant à la portée de nombreuses personnes.

Branche R1b-M269 de l'arbre Y :

Racine de l'arbre : origine Homo sapiens

A1 V250 L985 L1013 L1002 M9072 P305 V174 V161 • V161.1 • V161.2 L1005 L1112 V241 L986 L1004 L1084 V168 L989 L1009 Y1459 V171 V238 L1053

A1b P108 V221

BT V2952 • M9137 M9159 • PF767 M9380 • PF1256 M9312 M9382 • PF1257 V2167 • M9026 M9178 M9251 • PF913 M9133 • PF715 M9113 M8952 M9232 • PF880 M8961 • PF201 M9202 V3063 • M9145 • PF733 M8972 M9221 M299 M9356 M9070 M8968 • PF207 M8967 V2804 • M9124 • PF701 M9157 • PF766 M9081 M9378 M9379 • PF1253 V2561 • M9110 • PF684 M9054 M9361 M9349 M9036 • PF308 M9396 M9214 M9365 • PF1218 M9287 M9226 • PF869 M9057 M9389 M9359 M9338 • PF1064 M9046 • PF324 M9322 • PF1049 V2319 • M9031 M9027 L970 • PF1065 M9346 M9238 M9203 • PF837 M9240 • PF896 M9123 L957 M9305 • PF1022 M9372 V4201 • M9297 • PF1003 M9103 • PF679 M9292 • PF995 M9249 M9406 M9375 M9321 • PF1045 M8958 • PF196 M9278 • PF969 M9188 V1395.1 • M8997 • PF260 M9099 • PF674 M9104 • PF680 M9021 • PF288 V3546 • M9265 M9293 • PF997 V2579 • M9114 M9002 • PF267 M9409 • CTS12197 • PF1314 L978 • PF93 M8986 M9177 M9369 M9045 M9086 • PF648 V1158 • M8954 M9155 • PF762 M9328 • PF1053 M9310 M9127 M9399 • PF1283 M9329 V2634 • M9117 M8980 • PF229 M9174 M9373 M9311 • PF1030 M9198 M9242 • PF899 M9204 M9231 • PF876 Y1547_2 M9197 M9254 M9230 • PF870 M9102 M9173 • PF794 M9116 • PF688 V1561 • M9009 M9135 M9394 • PF1271 M9377 • PF1241 M9064 • PF350 M9246 M9398 • PF1279 V2209 • M9028 • PF298 M9410 M9083 M9196 M9098 M9097 • PF672 M9397 M9271 M9341 • PF1072 L969 M9213 V1530 • M9008 M9366 M9326 M9041 • PF319 M9316 • PF1034 V4025 • M9291 M9252 V2507 • M9038 • PF313 V235 • PF1410 PF1407 • V21 • M8969 M9069 • PF635 M9187 M9411 • PF1315 L1060 • PF1021 M9412 M9200 • PF835 M9354 M9223 • PF865 M9049 M9227 M9010 V1813 • M9019 • PF286 M9340 M9237 • PF890 V4213 • M9298 M9129 • PF707 M9172 M9220 V3107 • M9148 • PF744 M8951 V3636 • M9269 PAGE65.1 • SRY1532.1 • SRY10831.1 • SRY10831 • PAGE65.2 • SRY1532.2 • SRY10831.2 V2437 • M9034 V3226 • M9152 M9357 • PF1209 M9138 V1347 • M8994 P97 M9141 L1071 • M8945 M9136 • PF724 V2821 • M9126 • PF703 M9370 M9191 M9318 • PF1039 M9327 M9105 M8959 • PF198 M8983 • PF230 M9068 M9352 • PF1100 M9179 M9244 M9209 M9042 Y6870 PF1405 • V216 • M8953 PAGES00024 • M9160 M9343 • PF1084 M9334 M9003 V64 • PF1412 V2352 • L1062 • PF302 M9266 • PF946 M8976 • PF215 V202 • PF1404 M8985 • PF232 M9405 M9360 M9074 M8993 M9146 M9112 M9225 • PF868 V1730 • M9017 • PF282 M9193 L440 Y1546_2 V31 • L413 • PF1409 V29 • PF1408 M8971 M9302 V2397 • M9032 • PF304 M9393 M42 L438 M8955 • PF12 M9425 M9189 M9130 • PF708 M9107 M9015 V2000 • M9025 L418 M9075 M8960 • PF200 M9094 • PF671 M9219 • CTS7503 PAGES00026 • M9336 M9115 • PF687 M8988 M9290 • PF989 M9192 M9176 V3601 • M9267 • PF948 V3304 • M9257 V2318 • M9030 M9169 M9195 M9284 M9011 L971 M9420 M9331 • PF1057 M9217 • PF857 M9319 M9001 M9216 V3998 • M9288 • PF985 M8999 PF601 M9286 V3297 • M9255 • PF925 M9304 V3037 • M9143 • PF732 M9228 V3002 • M9140 M9039 M9353 M9280 L1061 • PF1101 M9077 M9020 • PF287 M9180 V3916 • M9283 • PF973 M8979 • PF226 M9315 • PF1033 M91 M9367 M9111 M9165 M9100 L977 M9199 • PF834 M9121 M9376 M9236 M9272 M9248 M9245 M9210 M9016 M9348 • PF1093 M9182 PF1406 • V102 M9215 • PF847 M9089 • PF653 V59 • PF1411 V187 • PF1403 M9317 M9260 M9235 • PF886 M9004 • PF270 M9125 M9043 M9056 M9344 M9368 M9325 • PF1052 M9066 M9087 L1220 • M9212 M9234 • PF885 M9285 M9296 V1456 • M9000 V2656 • PAGES00081 • M9118 M9131 V3347 • M9261 • PF931 M9390 • PF1262 V3032 • M9142 • PF731 M9166 • PF785 M9408 • PF1296 M8956 • PF14 M9335 • PF1060 M9306 M9323 • PF1050 M8977 M9006 M9404 M139 M9095 M9050 V4007 • M9289 • PF988 M94 • PF1081 M8973 • PF211 V3795 • M9277 M9303 M9301 • PF1015 M9258 M9175 V3357 • M9262 • PF932 M9417 M9128 M9224 L962 M9347 V1506 • M9005 V3904 • M9282 M9080 M9253 • PF914 V1015 • M8947 M9156 • PF764 M9400 • PF1284 M8957 V4130 • M9295 • PF1000 M9065 • PF351 L604 • PF1243 M9421 M9374 • Z4690 M9076 V2760 • PF699 • M251 • M9122 M9151 M9300 M9270 • PF952 M9139 M9163 • PF777 M9218 • PF860 M8970 • PF208 M9362 M9239 M9109 M9263

CT M5745 • CTS8608 M5708 Y1819_2 M5687 • CTS5019 Y1569 M5589 • PF212 PF1415 • V226 • M5603 Y1510 M5688 M5657 Y1544_1 M5751 • PF937 M5608 • PF258 M5821 • PF1269 M5651 • CTS1996 Y1441 M5743 • CTS8542 M168 • PF1416 M5588 • PF210 V2824 • M5671 • CTS3662 • PF704 M5593 M5810 • CTS11408 Y1508 M5699 • PF803 PF1016 M5753 • CTS9458 • PF947 Y1528 Y1581 Y1511 M5752 • CTS9296 V1863 • M9022 M5742 • PF904 Y1446 M5781 • PF1040 PF110 Y1575_1 Y1475 M5661 • CTS2842 M5786 • PF1061 Y1490 M5769 • PF996 Y1498 M5785 M5724 • PF866 M5777 Y1828 M5775 Y1482 M5609 M5718 • CTS7257 M5726 M5707 • CTS6383 Y1544_2 M5780 L1028 • CTS4368 • M5680 M5716 • PF840 M5759 M5725 • CTS7741 • PF867 Y1485 Y1507 M5738 M5798 PF1418 • V52 • M5721 M5732 • CTS8089 Y1503 M5660 Y1531 V3648 • M5760 • PF954 M5811 • PF1238 Y1571 M5613 M5692 M5683 • CTS4650 M5805 • PF1227 M5768 Y1489 V1494 • M5615 • PF269 Y1817 Y1509 M5584 • CTS543 • PF206 M5715 • CTS6907 • PF833 PF192 Y1505 M5670 • CTS3460 Y1452 M5587 Y1579 M5819 M5597 • CTS1217 Y1448 M5803 M5747 Y1471 M5600 Y1455 V1052 • M5576 • CTS125 Y1496 Y1460 V3623 • M5754 M5686 Y1546_1 Y1585 M5647 Y1465 M5717 • PF844 M5825 M5791 • PF1080 Y1464 M5617 • PF274 Y1574 M5630 M5614 • PF266 M5629 V3641 • M5757 • CTS9555 Y1494 Y1567 M5648 Y1594 Y1578 M5817 M5830 • CTS12633 • PF1329 M5606 • PF256 Y1450 M5831 Y1488 M5795 M5813 M5712 Y1504 M5772 • CTS10512 V3642 • M5758 • CTS9556 V3310 • M5748 • CTS8980 • PF928 M5801 V4106 • CTS10362 • PF998 • M5770 M5607 M5808 • CTS11358 M5665 • CTS3216 M5636 Y1457 Y1524 M5784 • PF1059 Y1474 M5656 M5621 M5616 • PF272 V1431 • M5612 Y1492 M5720 • CTS7482 Y1480 Y1521 M5746 • CTS8709 M5578 M5767 • CTS10110 Y1527 M5641 M5796 • PF1097 V3337 • M5750 • CTS9014 Y1470 M5832 • PF1333 M5723 • PF862 CTS5457 M5741 M5653 • CTS2077 • PF657 M5590 • PF216 M5598 M5697 • CTS5746 M5800 • PF1203 Y1589 PF1413 • V189 • M5577 M5762 • CTS9722 Y1568 M5705 • CTS6327 • PF811 PF500 Y1506 Y1593 M5809 • PF1237 V1043 • CTS109 • M8948 Y1552_2 M5713 • CTS6800 Y1502 M5618 Y1538 V2216 • M5633 M294 M5776 • PF1029 V3858 • PF970 M5794 • PF1092 M5711 • PF821 Y1587 M5602 • PF246 Y1467 M5802 V2901 • M5675 • PF719 M5783 V3908 • M5766 V1325 • M5605 M5591 • PF223 Y1497 Y1599 Y1819_1 Y1473 M5816 • CTS11827 M5698 • PF796 Y1525 Y1559_2 M9150 • PF750 M5797 • PF1098 M5649 PF342 Y1454 Y1438 Y1447 V2175 • M5632 M5709 M5662 PF1414 • V9 • M5585 V3758 • M5764 • CTS9828 • PF964 Y1491 Y1476 M5601 Y1472 M5765 M5628 Y1495 M5611 • PF263 Y1461 M5689 M5626 PF1276 M5700 • CTS6252 M5642 V4162 • M5771 M5599 • PF234 Y1456 M5722 • CTS7517 M5594 • CTS1109 Y1443 M5582 • CTS401 • PF202 M5736 • CTS8243 • PF891 M5730 Y1586 Y1573 Y1518 M5814 M5788 V3808 • Y1539 M5739 • PF898 PF1417 • V41 • M5695 Y1591 M5659 • PF667 M5645 M5729 • CTS7936 M5691 • PF779 M5822 M5664 • CTS3120 • PF683 Y1462 V3317 • M5749 M5778 • PF1031 M5681 PF1420 • V55 V1401 • M5610 M5650 V1653 • M5625 Y1440 Y1791 M5737 • PF892 Y1580 Y1590 M5706 • PF815 Y1577 M5792 • PF1088 M5678 • PF725 Y1514 Y1559_1 M5622 Y1469 M5826 M5620 CTS11575 • PF1245 M5583 • CTS423 V3728.1 • M5763 • CTS9760 • PF961 M5640 • PF318 M5714 • CTS6890 M5790 V1878 • M5631 • PF292 M5719 • PF850 M5652 • PF652 Y1483 M5627 Y1451 M5639 Y1444 M5684 • CTS4740 • PF751 M5782 • PF1046 M5694 • CTS5532 Y1458 M5735 • CTS8166 M5690 • CTS5318 Y1449 M5679 • CTS4364 M5638 • PF316 M5624 P9.1 • P9 M5728 • CTS7933 M5676 • PF720 Y1526 M5818 • CTS11991 M5682 M5812 V1540 • M5619 • PF278 PF15 M5669 • CTS3431 M5727 • CTS7922 • PF875 M5595 • CTS1181 M5774 M5804 • CTS10946 Y1537 M5756 • PF951 M5646

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R M732 • CTS8311 • PF6055 CTS3622 • PF6037 YSC0000201 • PF6057 • M734 • S4 P227 P280 • PF6068 Y453 M696 • CTS5815 • PF6044 P232 P224 • PF6050 YSC0000232 • M789 • L1225 • PF6076 P285 • PF6059 CTS2913 • PF6034 • M667 V2573 • YSC0001265 • CTS3229 • PF6036 • M672 PF5953 • M764 M207 • UTY2 • PF6038 • PAGES00037 V3466 • CTS9200 • PF5938 Y457 YSC0000233 • PF6077 • L1347 • M792 Y480 P229 • PF6019 Y472 • F47 • M607 • PF6014 • S9 M795 • CTS11075 • PF6078

R-Y482 M799 • PF6079 • YSC237 PF6040 • YSC179 PF5919 • F356 • M703 Y482 • PF6056 • F459

R1 M813 • CTS12618 • PF6089 L875 • PF6131 • YSC0000288 • M706 M730 • CTS8116 • PF6138 P231 P236 • PF6137 M717 • CTS7122 • PF6135 P245 • PF6117 P233 • PF6142 PF6146 M173 • P241 • PF6126 • PAGES00029 Y464 • PF6008 PF6069 M781 • PF6145 PF6073 P286 • PF6136 CTS3321 • PF6125 • M673 CTS2680 Y305 • PF6031 Y512 Y290 • F211 PF6118 • M640 M812 • CTS12546 • PF6088 PF6110 PF6011 M663 • CTS2565 • PF6122 V1478 • PF6116 • F102 • M625 P234 • PF6141 YSC0000230 • L1352 • M785 PF6133 • F378 • M711 Y465 V1356 • PF6114 • F93 • M621 P242 • PF6113 P294 • PF6112 F132 • M632 M643 PF6119 M748 • YSC0000207 PF5477 • F28 CTS3123 • PF6124 • M670 M306 • S1 • PF6147 Y459 P225 • PF6128 P238 • PF6115 M714 • CTS7066 • PF6049

R1b M343 • PF6242

R1b1 L278 M415 • PF6251

R-L389 L389 • PF6531

R1b1a L320 • PF6092 P297 • PF6398

R1b1a2 PF6410 • M520 L265 • PF6431 M269 • PF6517 YSC0000269 • PF6475 • S17 S3 • PF6485 S10 • PF6399 L1063 • CTS8728 • PF6480 • S13

Chaque « code » comme P108 (voir haut de l’arbre A1b) est le nom d'un SNP, c'est à dire une mutation. Comme il y a de nombreux laboratoires et que chacun donne des noms, ceux qui ont à charge de dresser les arbres Y sont obligés à une gymnastique de mise en parallèle des noms qui représentent une seule mutation et ici de tels groupes sont repérés par un souligné avec un [  • ] entre les noms signifiants la même chose. Donc, ci-dessus, dans L1063 • CTS8728 • PF6480 • S13 les 4 noms sont pour un seul et même SNP. (et sera compté comme 1 seul SNP dans les comptes qui vont suivre).

Tous les SNPs d'un séquençage ne sont pas montrés ici car la partie récente (en bas) est encore mal dégrossie. J'ai arrêté l'arbre au SNP M269 qui est porté par, environ, la moitié des européens dans les pays de l'ouest de l'Europe comme la France. Donc, en France, un homme sur deux a un tel arbre et sa différence avec les autres français (aussi M269) est dans la partie (plus bas) non montrée ici. Je rappelle que toutes ces mutations sont « neutres », c'est à dire que ce ne sont que des changements de l'ADN que le séquençage permet de trouver mais il n'y a PAS de caractère visible associé. Du haut de l'arbre à M269 il y a environ 1000 SNPs. Un séquençage plus approfondi permettrait d'en trouver davantage pour la même partie de l'arbre mais il y a déjà suffisamment de SNPs pour comparer entre différentes branches et aussi, les différentes parties de la branche, ici R1b-M269 , étudiée. Il s'agit donc d'une connaissance encore « relative » mais déjà utilisable.

L'origine d'Homo sapiens est estimée (par les fossiles connus) vieille de 160 000 ans à 180 000 ans environ. J'ai pris 170 000 ans et comme le nombre total de SNPs, si je n'avais pas coupé à M269, est de l'ordre de 1200 SNPs (donc jusqu'à aujourd'hui) cela correspond à une profondeur de t = 140 ans en moyenne entre 2 SNPs. Sur cette base nous allons entreprendre une lecture de l'arbre Y depuis la racine de l'arbre : les débuts d'Homo sapiens.

La racine de l'arbre Y est, en fait, bien plus complexe, et, ici aussi j'ai simplifié : voici la racine de l'arbre Y telle que décrite en 2013 :

Racine (Y-Adam)

• A00 AF4, AF5, AF6/L1284, AF7, AF8, AF9, AF10, AF13, L1086, L1087, L1088, L1091, L1092, L1094, L1096, L1097, L1102, L1103, L1104, L1106, L1107, L1108, L1109, L1110, L1111, L1113, L1114, L1115, L1117, L1119, L1122, L1126, L1131, L1133, L1134, L1138, L1139, L1140, L1141, L1144, L1146, L1147, L1148, L1151, L1152, L1154, L1156, L1157, L1158, L1159, L1160, L1161, L1163, L1233, L1234, L1236

• A0-T AF3, L1085, L1089, L1090, L1093, L1095, L1098, L1099, L1101, L1105, L1116, L1118, L1120, L1121, L1123, L1124, L1125, L1127, L1128, L1129, L1130, L1132, L1135, L1136, L1137, L1142, L1143, L1145, L1150, L1155, L1235

• • A0 L529.2, L896, L982, L984, L990, CTS2809/L991, L993, L995, L997, L998, L999, L1000, L1001, L1006, L1008, L1010, L1012, L1016, L1018, L1055, V148, V149, V154, V164, V165, V166, V167, V172, V173, V176, V177, V190, V196, V223, V225, V229, V233, V239

•  • A1 L985, L986, L989, L1002, L1003, L1004, L1005, L1009, L1013, L1053, L1084, L1112, L1153, P305, V161.2, V168, V171, V174, V238, V241, V250

• • • A1* -

• • • A1a M31, P82, V4, V14, V15, V25, V26, V28, V30, V40, V48, V57, V58, V63, V191, V201, V204, V215

•  •  • A1b P108, V221

• • • • A1b* -

• • • • A1b1 L419/PF712

Les groupes A sont africains, ce qui va dans le sens d'une origine lointaine en Afrique, comme les fossiles tendent à le confirmer. On trouve les haplogroupes A0 chez les Boschimans (voir le film « les dieux sont tombés sur la tête ») ; ceux qui parlent des langues à clic. L’ancêtre commun avec un européen aurait donc vécu il y a 170 000 ans environ. Je rappelle que je ne montre ici que la branche R1b, européenne : il y a un arbre tout aussi complexe qui mène de la racine aux Boschimans actuels, avec autant de mutations.

Seule la branche BT va nous intéresser ici mais je voulais montrer la diversité de branches parmi les populations africaines. Les parties en jaune sont celles identifiées récemment. La branche BT (tout en bas) est celle d'où sont issus TOUS les non africains et certains pygmées (haplogroupe B).

Avec [BT] on voit apparaître une structure typique de l'arbre Y : un paquet de SNPs ; ici il y en a 353 mais on connaît davantage de SNPs pour cette partie de l'arbre ; j'ai voulu maintenir la cohérence entre les parties de l'arbre pour permettre des comparaisons. Que signifie ce paquet de 353 SNPs ? 353 SNPs avec 140 ans entre chaque SNPs, cela fait une période de 50000 ans (environ) entre il y a 170000 ans et 120000 ans. A noter qu'il y a eu un pic de température entre -130 000 ans et -115 000 ans environ. ; il s'agit donc d'une période de grands changements dans l'environnement et les ressources. Difficile de savoir où se trouvait le groupe BT mais il faut comprendre qu'on nomme [BT] le nœud de l'arbre qui précède la scission en d'une part un groupe B, africain, beaucoup représenté chez certains Pygmées, et la racine de tous les groupes non africains, nommée [CT] pour indiquer : de C à T. Une origine africaine est plausible mais les fossiles indiquent que l’homme moderne était en Israël / Palestine dès cette époque et on peut envisager un positionnement déjà hors d’Afrique mais pas trop loin pour expliquer qu’avec la chute des températures il y ait eu scission et une partie du groupe qui deviendra l’haplogroupe B retourne en Afrique. 

Chaque SNP a été un embranchement possible mais ceux portant la forme ancestrale, non mutée, ont disparu. Il faut bien se figurer le processus : au départ le groupe n'a aucune des mutations ; survient la première, on ne sait pas laquelle c'est mais admettons que ce soit V2952 premier de la liste, le groupe a un individu V2952 et tous les autres (hommes) encore sans aucune des mutations BT. Le groupe devient V2952 par dérive génétique, ce qui implique une petite taille et pas de séparation ; et ainsi de suite sur 353 mutations ! En pratique, pour que cela se réalise il faut un « goulot d’étranglement », c’est-à-dire une période où les conditions sont tellement difficiles que le groupe a failli disparaître et a été réduit à très peu d’individus. A ce moment, l’homme aillant la succession de mutations maintenant connues comme celles de [BT] a eu une descendance mâle qui a envahi le groupe. Les simulations montrent que ceci se produit dans un petit groupe ayant en moyenne 2 enfants (un garçon , une fille, en moyenne) et où les fluctuations (2 garçons ou 2 filles) font qu’une seule lignée mâle se maintient. La scission a ensuite déterminée une évolution différente du groupe revenu en Afrique devenu l’haplogroupe B et le reste du groupe et s’appelle pour l’instant [CT].

Le groupe B fortement représenté chez certains Pygmées, se sépare de ce qui deviendra la racine de tous les « non africains » (mais aussi de nombreux africains). Là encore, il y a tout un arbre complexe B, non montré ici. Il y a 120000 ans une coupure majeure s'effectue donc et il a été proposé (Dienekes Pontikos sur son blog) qu'il y a eu coupure géographique dès cette date ancienne avec passage de la fraction [CT] en péninsule arabique, alors plus humide qu'aujourd'hui. Je trouve cette proposition intéressante mais il y a d’autres sites possibles. En rapport avec l’évolution après la phase [CT] (voir plus loin) une localisation aussi à l’Est que le bassin de l’Indus me paraît plausible. En tout état de cause une sortie « précoce » d’Afrique paraît cohérente avec le devenir non africain de la grande majorité de la descendance (voir discussion [DE] qui suit) et le goulot d’étranglement marqué lors de la chute des températures peut aussi être en relation avec un positionnement plus au nord (plus froid) qu’en Afrique. Un positionnement pas trop au nord et plutôt proche de la côte (voir plus loin le devenir [DE]) est le plus probable.

Le même calcul que précédemment pour le « paquet » de SNPs correspondant à la phase [CT] aboutit à une durée de 45000 ans, soit une phase s'étalant (j'arrondis) de -120000 ans à -75 000 ans. Une réorganisation majeure intervient il y a 75 000 ans et la correspondance de cette date avec l'éruption du mont Toba, déjà discutée sur ce blog, ne peut pas être une simple coïncidence. La date de l'éruption serait d'il y a 73000 ans +/- 4000 ans. Sachant que les dates présentées ici ont aussi une marge d'erreur substantielle, on est donc sur la même datation. Parmi les SNPs définissant [ CT ] il y a M168, le premier identifié et à l'origine de la théorie dite « out of Africa » car tous les descendants hors d'Afrique proviennent des « survivants » de ce groupe ; il ne s'agissait donc pas d'un seul marqueur (M168) mais de tout une flopée. Il est aussi important de considérer la suite. Après [ CT ], il y a scission en 2 grand groupes : [DE] et [CF]. L'idée, déjà développée sur ce blog, est qu'il y a eu 2 grandes voies de migration : [DE] par le sud et la voie côtière, sans doute au moyen d'embarcations rudimentaires permettant une sorte de cabotage le long des côtes ; [CF] toujours sur le même positionnement ou à peu près. En fait, une adaptation de ce scenario donne ceci : le groupe [CT] a commencé une expansion et il se pourrait que [DE] en contournant la péninsule indienne ait atteint le delta du Gange avant l'éruption du mont Toba, d’une part et en suivant la côte de la péninsule arabique ait peuplée la région proche de la corne de l’Afrique. L'éruption a dévasté les populations proches (toute l'Inde du sud en particulier), coupant le groupe [DE] en 2 isolats qui ne se retrouveront jamais : des survivants [DE] au nord Est de l'Inde et des survivants vers la corne de l'Afrique où les conséquences de l'éruption ont été moindres. A partir de ce moment, l'évolution séparée a conduit le groupe « oriental » vers D et la migration vers l'Est reprenant, ce groupe est allé au moins jusqu’au japon où une part de la population est encore de l'haplogroupe D, alors que le groupe revenu vers l’Afrique a évolué, dans la région de la corne de l'Afrique vers le groupe E qui a eu une très grande expansion en Afrique et, à partir de l'Egypte a été à l'origine d'importantes migrations néolithiques en direction de tout le pourtour méditerranéen ; les Berbères sont majoritairement E-M81. Le lointain cousinage avec le Japon est resté jusqu’à ce jour une énigme et je trouve l'explication ci-dessus très satisfaisante indiquant que l’éruption du mont Toba a eu un rôle structurant sur l’évolution humaine. On peut ajouter que des individus [DE] ont été identifiés au Tibet, une zone refuge manifestement pour d'anciennes populations ; on n'a pas retrouvé de |DE] en péninsule arabique, un territoire où il est plus difficile de se cacher et devenu beaucoup plus sec.

En continuant l'analyse de l'arbre on constate que [CF] évolue rapidement en 2 groupes qui ont connu chacun une grande expansion : C et F. Un mot sur le groupe C qui n'est pas la branche décrite ici : les aborigènes d'Australie sont originellement d'une branche de C (C4) alors que les certains Mongols comme le fameux Gengis Kahn était C3, juste pour indiquer l'étendue : ce fut une première vague migratrice sur toute l'Asie, ensuite « chassée » par les néolithiques du riz.

La branche F est à l'origine de la plupart des groupes peuplant aujourd'hui l'Europe et l'Asie car les néolithiques (entre autres) sont issus de cette branche. On constate que le groupe F a eu une longue période d'adaptation que le calcul établit à 23000 ans. Donc d'il y a 75000 ans à il y a 52 000 ans une longue phase d'évolution dans un nouvel environnement. Je rappelle que la localisation dans le bassin de l'Indus est hypothétique mais le temps d'adaptation requis indique un gros changement et une nouvelle adaptation.

Ce qui est nouveau et frappant à partir de F c’est le foisonnement de branches issues de F. Récemment l’analyse ADN d’ossements datés de -47000 ans et appartenant à l’une des branches qui sont issues de F à partir de -50000 ans, a montré une proportion d’ADN Néandertalien plus élevée que ce qu’on observe dans le populations actuelles, indiquant que l’apport d’ADN Néandertalien est proche de -47000 ans car ensuite « diluée » dans le reste de la population. On peut envisager que cet ADN Néandertalien ait permis de supporter des températures plus froides. Il est possible aussi que la chasse au Mammouth ait été apprise. Toujours est-il que la limite inférieure de F , plutôt que liée à un changement climatique peut s’interpréter par l’importance d’un apport Néandertalien : dans le petit groupe où cet apport a eu lieu, un seul homme a vu sa descendance mâle « envahir » le reste du groupe et ceux-là seul ont survécu. Ensuite, c’est l’émergence de rameaux successifs : à partir de ce moment (entre -50000 et -45000) l’homme moderne prend le dessus et remplace l’homme de Néandertal partout. C’est le fait majeur, un peu paradoxal.

Parmi les branches issues de F le groupe K, toujours probablement aux alentours du nord de l'Inde, se séparent en L, T et [MP] qui ont évolué autour de la zone indienne. Le groupe P émerge il y a environ 50000 ans et connaît une nouvelle longue phase d'adaptation dont la durée serait de 19000 ans. On considère donc la période s'étalant d'il y a 50000 ans à il y a 31000 ans. C'est vers cette époque qu'apparaissent les premières traces graphiques et statuettes et cela définit le début du paléolithique supérieur. C'est, en Europe, vers cette époque que Neandertal recule et laisse la place à l'homme moderne (entre 45000 et 35000 ans) mais il semble que P était bien plus à l'Est. Pour se le figurer il faut envisager l’origine MP. La branche M est aujourd’hui caractéristique des Papous de Nouvelle Guinée. Si cette branche a eu une migration sud, peut être biaisée aujourd’hui par la pression ultérieure des cultivateurs de riz, il faut quand même que le groupe MP ait été plus proche de l’Indonésie, peut être entre le delta du Gange et l’Indochine, et le groupe P aurait évolué vers le nord. En effet, le groupe P évolue en R et Q, or l'haplogroupe Q a ensuite (pour une partie du groupe) migré en Amérique où il est de loin le groupe le plus fréquent parmi les amérindiens. On a aussi trouvé des traces du groupe R à la limite entre Chine et Afghanistan et il est possible que leur mode de vie ait inclus le Mammouth au repas. Pour continuer la description du groupe R j'ai choisi de prendre une autre base que l'arbre Y que celle suivi jusqu'à présent et cohérente pour R et R1..

 Le schéma ci-dessus résume l'histoire du groupe R1 et de ses 2 composantes R1a et R1b. En bleu sont indiqués les comptes de SNPs que je prends comme base de calcul. Je choisis cette base parce que trop d'arbres sont encore incohérents sur le nombre de SNPs pour les différentes branches dans les parties récentes. Ici les branches R1b et R1a différent peu. A partir de P et jusqu'à R1b-M269 le nombre de SNPs est de 179, soit une période de 25000 ans qui s'étend d'il y a 31000 ans à il y a 6000 ans. Entre temps il y a eu la période glaciaire commençant il y a environ 24000 ans, précisément le moment où les 2 groupes R1a et R1b se seraient individualisés. Il y aurait eu séparation par le froid en 2 zones distinctes et une évolution séparée a commencé. Les 2 zones de survie ne sont pas connues.

 Les 6000 ans ne peuvent pas être précis. Une différence de 3000 ans, tout à fait dans la marge d’erreur porterait cette dernière date à 9000 ans, plus en accord avec les estimations obtenues par d’autres approches ; c’est la limite actuelle de l’approche SNP. Les phases récentes sont encore hors de portée mais les progrès du séquençage devraient fournir des résultats avec davantage de SNPs au total, permettant une lecture plus fine (plus précise) et ainsi une meilleure appréhension des phases plus récentes comme le peuplement de l’Europe par R1b-M269 déjà discutée sur ce blog.

Pour conclure, l’étude SNPs telle que décrite ici indique que l’origine africaine commune est sans doute bien plus ancienne que ce que les premières théories « out of Africa » indiquaient. La taille de la population hors d’Afrique est longtemps restée faible sinon on n’aurait pas tous ces blocs de SNPs comme discuté dans cet article, ce qui a sans doute aussi favorisé l’émergence de caractères bien spécifiques. Nous avons aussi vu que l’histoire du groupe [DE] revisitée suggère un rôle important de l’éruption du mont Toba. Enfin, l’ADN Néandertal serait la trace d’une évolution majeure précède la diffusion de l’homme moderne dans toute l’Eurasie, au détriment des populations Néandertal .

Une version en anglais de cet article est ici :

http://www.chezdidier.org/2014/12/excavating-the-time-frame-of-human-evolution.html