Dans le domaine de la santé publique, les conséquences sont aussi très importantes :

- En 1991, 1297 médicaments étaient vendus à Cuba contre 889 à l’heure actuelle. Outre, qu’ils sont moins nombreux, ils ne sont pas continuellement disponibles. Un médicament très courant comme l’aspirine n’est pas présent dans toutes les pharmacies. La situation est encore plus alarmante en ce qui concerne les nouveaux médicaments. Comme les Etats-Unis dominent l’industrie pharmaceutique, Cuba a accès à moins de 50 % des nouvelles molécules présentes sur le marché mondial.

- Certains enfants doivent s’expatrier pour subir une transplantation d’organe. Non que les médecins cubains soient incompétents, mais parce que le matériel adéquat manque en raison de l’embargo.

- Le rétroviral Ritonavir et le Lopinavir+Ritonavir utilisés dans le traitement du sida coûtent 47 700 $ aux Etats-Unis. A Cuba, ils coûtent 280 400 $, presque six fois plus, parce ces médicaments doivent être acquis dans un pays tiers.

- L’impact le plus dévastateur de l’embargo sur la santé publique est provoqué par une clause américaine qui stipule qu’aucune matière première et matière active servant à fabriquer des médicaments ne peuvent être exportées vers Cuba. Cette clause limite considérablement l’industrie pharmaceutique nationale. Elle a justifié le refus d’une licence en vue d’exporter vers Cuba une substance très active dans le traitement du cancer du sein. L’île est donc contrainte de s’approvisionner auprès d’autres pays. C’est onéreux (si Cuba pouvait produire elle-même ce produit cela lui coûterait 4 fois moins cher) et difficile en sachant que Etats-Unis dominent l’industrie pharmaceutique mondiale.

L’embargo laisse des traces dans chaque secteur de l’économie cubaine. Parfois ces conséquences sont totalement absurdes. Ainsi, en 2005, 200 touristes anglais n’ont pas pu se rendre à Cuba parce que leur agence de voyage avait rachetée par une agence américaine.