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La peur est une arme facile à manier et aux effets d’autant plus redoutables que la vaccination s’adresse à des personnes bien portantes. Chaque individu se voit ainsi mettre en balance un avantage théorique pour la société, mais finalement abstrait (beaucoup des maladies combattues sont peu présentes du fait de la vaccination, justement), et un risque pour soi-même, aux probabilités certes infimes, mais matérialisé pour chacun par l’injection. La raison et le bénéfice ne sont pas à armes égales face à la peur.

Les ligues anti-vaccinales jouent ensuite sur « les droits individuels » et s’attaquent au « caractère obligatoire des vaccinations comme une atteinte à l’intégrité physique et morale de l’individu et à la liberté de conscience ». Les bénéfices de la vaccination sont niés, et la controverse est transformée en « querelle philosophique ». Ainsi, la LNLV, une des associations les plus actives, affirme, à l’image des créationnistes qui contestent la théorie de l’évolution, que « le « pasteurisme » n’est qu’une théorie scientifique que le corps médical est loin de partager « universellement » et que, par conséquent, l’État ne devrait pas l’imposer ». Ceci pour justifier sa demande d’abrogation de tous les cadres réglementaires concernant la vaccination, et la liberté pour chacun de choisir d’être vacciné ou non, choix que les parents devraient pouvoir imposer à leurs enfants.

Pourtant, la santé publique, et plus généralement, le progrès humain, ne peuvent pas se construire sur une somme de décisions individuelles éclairées par la peur et la perception mal informée des enjeux et des réels dangers.