En janvier 2007, le Los Angeles Times fait paraître un article peu flatteur pour la Fondation Gates, qu’il accuse d’investir 95 % de ses fonds dans des investissements rémunérateurs gérés par des financiers chargés de « diversifier fortement leur portefeuille mais sans directives précises ». Le quotidien souligne ainsi que certaines de ces initiatives sont contradictoires avec son action philanthropique. L’article cite le cas de campagnes de vaccinations dans le delta du Niger financées, notamment, par la Fondation Gates, qui investirait parallèlement dans des entreprises comme Eni, Royal Dutch Shell, Exxon Mobil, Chevron et Total — compagnies éminemment responsables de la pollution dans cette région.

Ce genre d’affaires ne seraient pas isolées, selon le Los Angeles Times, qui souligne que la fondation a investi avec profit dans plusieurs compagnies reconnues pour leur impact néfaste sur l’environnement et la santé, mais aussi dans des compagnies de crédit immobilier accusées d’avoir dépossédé des milliers de personnes, ou des sociétés employant des enfants. La Fondation Gates n’aurait « pas usé de sa puissance et de son immense richesse pour changer le comportement des compagnies dans lesquelles elle investit »[11].

Le soutien de la fondation aux OGM a également suscité des critiques[12] : le 15 octobre 2009, Bill Gates a annoncé que la fondation allait donner 120 millions de dollars pour différents programmes d’aides aux agriculteurs d’Afrique et d’Inde. Une partie de ces programmes, mis en œuvre par l’Agra (Alliance for a Green Revolution in Africa, ou Alliance pour une révolution verte en Afrique), consiste à fournir diverses semences génétiquement modifiées[13].