Il est vrai que, contrairement aux aides directes, le maintien d’un CIR est conditionné par le maintien du personnel qualifié qui représente souvent la grosse part de l’enveloppe. Dans un sens, on peut dire que cette aide à l’innovation est plus éthique que les subventions puisqu’elle consiste dans une restitution de dépenses de personnel qualifié, « comptablement » constatées. N’a t’on pas vu, au contraire, des entreprises bénéficier de subventions type OSEO, PCRD, Eureka puis licencier leur personnel qualifié (ou se tourner vers des axes de travail radicalement différents de ceux programmés). Ce cas de figure n’est pas possible avec le CIR, qui joue bien un rôle de « sustaining » pour le personnel diplômé dans le privé, souvent en difficulté dans des périodes comme celle traversée. Le contrôle fiscal joue, de plus, un rôle de garde fou et de droit de regard (et de reprise) pour l’Administration, qui n’est pas réellement présent dans les financements par subventions.