Quelqu’en soit l’origine, le biogaz non valorisé contribue, du fait de ses fortes teneurs en méthane, à l’effet de serre.

L’incidence du méthane (CH4) est en effet 11 fois plus forte que celle du gaz carbonique.

En revanche, le gaz carbonique (CO2) libéré par la combustion du méthane issu de biogaz, n’a pas d’impact sur l’effet de serre. Ce CO2 provient du CO2 stocké par la matière organique lors de la photosynthèse. Il n’y a pas « destockage » de CO2 supplémentaire, ce qui est le cas pour les gisements fossiles, mais transfert dans le cadre du cycle du carbone : CO2 - photosynthèse - biomasse - méthanisation (CH4) - combustion - (CO2 + H2O)