Il y a de nombreuses critiques à émettre concernant le Téléthon. En vrac :
- L’argent récolté sert souvent à subventionner des entreprises privées du domaine médical et pharmaceutique, qui, une fois les remèdes découverts, nous lres revendront à prix d’or
- Le Téléthon a servi pendant de nombreuses années à financer la recherche fondamentale sur le génome humain. Même si cette louable recherche constitue un préalable indispensable à des applications thérapeutiques, elle constitue aussi un préalables à toute application dans le domaine des biotechnologies humaines, d’hypothétiques « super-soldats » génétiquement modifiés à un tout aussi hypothétique bidule à la mode qui ferait pousser les cheveux bleus (les traitements pour les maladies génétiques étant eux aussi hypothétiques, pour l’instant)
- Comme toute initiative privée à vocation humanitaire, le Téléthon se substitue aux pouvoirs publics, en l’espèce dans une opacité totale qui plus est

La baisse des dons a une explication bizarrement non évoquée : la baisse du pouvoir d’achat. Il est évident que les « dons aux oeuvres » sont le premier poste de dépenses où les ménages vont faire des économies.