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L’AFP ne dispose pas de capital, ni d’actionnaires, seulement de dotations de fonds propres. Son statut lui interdit d’être directement subventionnée par l’État, ce qui mettrait en doute son indépendance. Elle dépend donc de ses seules ressources commerciales, mais 40% de son chiffre d’affaires en 2004 provient des abonnements de services publics dépendant du gouvernement français. En tant que premier client et membre important du conseil d’administration, de fait l’État fixe lui-même le prix de son abonnement, selon les moyens qu’il veut attribuer à l’Agence. Chaque année lors de la discussion du budget, les représentants de l’État ont en effet une voix prépondérante. Il s’agit donc d’un système de subventionnement déguisé.

Malgré ce poids financier de l’État, les journalistes revendiquent l’indépendance absolue de la ligne éditoriale de l’agence.

En novembre 2003, l’entreprise a passé avec l’État un Contrat d’objectifs et de moyens pour rétablir d’ici 2007 une situation financière préoccupante. Celle-ci a d’ailleurs entraîné la vente par crédit-bail du siège historique de l’Agence (place de la Bourse à Paris).

En 2003, le chiffre d’affaire de l’AFP s’élevait à 242 millions d’euros dont 100 millions pour les abonnements de l’État, 70 pour la France et 72 millions pour l’étranger [2].