Je ne connais pas assez les détails du système militaire américain pour vous répondre. Je ne peux que citer ce qui est dit sur Wikipédia :

« Pendant ce temps, le NORAD faisait décoller d’autres chasseurs de la base de Langley, située 210 km au sud de Washington. Celle d’Andrews, à 15 km de la capitale, dont des chasseurs participaient à un exercice en Caroline du Nord ce matin là[5] reçut de son côté l’ordre par les services secrets de préparer une patrouille armée. Mais une demi-heure plus tard, à la réception de l’ordre de la Présidence de faire décoller ces chasseurs suite à l’attentat contre le Pentagone [sans doute une erreur, remplacer Pentagone par WTC], ils n’étaient toujours pas prêts. Volant à 35 % de leur capacité, les chasseurs de Langley arrivèrent au Pentagone 12 minutes après l’impact du vol AA77 au moment où trois F-16 non armés décollaient d’Andrews, quarante cinq minutes après la mise en alerte [6]. »

Un dysfonctionnement est peut-être surprenant, mais infiniment moins que toute théorie alternative, non ?