La définition atomique moderne avec des protons, des neutrons et des électrons ne date que de 1913 ! Ces notions n’existaient pas avant cela.
Avant le 18e siècle reignaient les 4 éléments air, eau, terre feu.
Lavoisier en 1775 énonce « rien ne se perd, rien se créé » en découvrant la conservation de la masse dans toute transformation chimique, ainsi que la décomposition des substances en éléments plus simples (par combustion, acidification, oxydation...).
A partir du 18e siècle, les scientifiques raisonnent en termes de « particules », c’est la théorie des gaz et des liquides, sur le modèle des boules de billard.
En 1811, Avogadro propose une méthode pour « peser » les atomes, et montre que les atomes connus ont tous une masse multiple de celle de l’hydrogène, définie à 1. En fait beaucoup d’approximations étaient présentes, mais en gros ça se tenait.
Mendeleiev classa ensuite les particules ou éléments chimiques uniquement en fonction de leur masse et de leurs comportements chimiques similaires : il les mit en lignes et en colonnes, et obtient la première classification. La notion de nombre de protons est encore loin ! La masse des éléments est approximativement égale au nombres de protons, ce que l’on ne pouvait savoir à l’époque, et certains éléments était donc mal classés (à cause des virgules) et ont été reclassés plus tard.
L’électron est découvert en 1897 : des particules chargées arrachées à la matière (comme l’électricité statique).
Rutherford en 1911 montre que la matière est pleine de trous (en fait essentiellement vide) en bombardant une feuille d’or par des particules alpha qui ne dévient pas !
Niels Bohr en 1913 propose le premier modèle basé sur un noyau de particules chargées positivement, les protons, équilibrés par les électrons qui tournent autour.
La classification périodique prend sa forme actuelle à ce moment là.