Tout change en 1989 pour Ben Laden et son principal allié Turki al-Fayçal, quand le père de George Bush décide d’attaquer l’Irak de Saddam Hussein, et, pour ce faire, abandonne les moudjahidins à leur propre sort. Un abandon de ces militants pachtounes manifeste qui fabrique une rancœur tenace : ils tombent automatiquement sous le contrôle de l’ISI, les services secrets pakistanais, qui n’attendaient quel’occasion pour le faire. « Many in the ISI loathe the United States. They view America as an unreliable and duplicitous ally, being especially resentful of the 1990 sanctions, which came one year after the Soviets pulled out of Afghanistan. Furthermore, the ISI is dominated by Pashtuns, the same tribe that is the Taliban’s base of support across the border in Afghanistan ». Le 12 octobre 1999, l’ISI à dominante pachtoune réalise au Pakistan la prise de pouvoir de... Pervez Musharraf.