Il s’agit d’une technique, et en tant que telle, peut avoir de très nombreuses applications (à l’instar du magnétisme qu’on peut utiliser pour stocker des données ou coller des trucs sur le frigidaire...). Pour n’en citer que quelques unes, en neuroscience, elle confère la possibilité d’étudier le système nerveux de manière peu invasive, et a déjà des applications dans l’étude de la maladie de Parkinson. Ainsi, des chercheurs ont déterminé quelles étaient les neurones susceptibles de contrer les effets de Parkinson dans le cerveau d’une souris, et permettra d’identifier à terme leurs homologues dans le cerveau humain.
Mais l’utilisation de l’optogénétique dans des cultures cellulaires pourra avoir des applications totalement différentes voire même aider à développer de nouvelles techniques de lutte contre le cancer par exemple.