« En mai 2011, dans son blog sur le site du mensuel Le Monde diplomatique18, l’universitaire Alain Garrigou illustre des possibles confusions d’intérêts, d’une part entre l’animateur et ses invités (Yves Calvi relève que « tout le monde est d’accord autour de cette table », note-t-il), d’autre part dans le choix des invités. Il évoque notamment le cas de Dominique Reynié et de Pascal Perrineau, tous deux invités en tant que politologues mais qui appartiennent à Fondation pour l’innovation politique, un think tank affilié à l’UMP. L’auteur ajoute « le pluralisme (...) c’est la diversité qui ne suscite pas, ou le moins possible, d’objection des principaux partis et dirigeants politiques ».

Cette émission a été critiquée à plusieurs reprises par l’association de critique des médias Acrimed19 qui lui reproche entre autres de « rouler à l’essence néolibérale et d’éviter autant que possible tout autre carburant ».

En 2012, le documentaire Les Nouveaux Chiens de garde épingle notamment plusieurs personnalités qui interviennent régulièrement dans C dans l’air. »