Je ne suis pas d’accord, cela change la compréhension. Quand on dit « la décision que j’ai prise ... » on met en valeur la décision, c’est cela qui est important, d’où l’accord du participe passé avec « décision ». 

Quand on dit « j’ai pris la décision ... » on met en valeur celui qui prend la décision, d’où l’absence d’accord avec « décision ». 

C’est tout à fait logique, c’est une cohérence grammaticale.