@eau-du-robinet

LE test PCR pour détecter la covid ?

Il y a un tas de labos qui ont développé un test PCR pour détecter ce virus. Par exemple l’institut Pasteur (extraits) :

’’Dans le cadre de la crise liée à la Covid-19, et dès l’apparition des premiers cas à l’international, et plus particulièrement en Europe (fin janvier 2020), le CNR de l’Institut Pasteur a développé un test de diagnostic permettant de détecter la présence du virus SARS-CoV-2 (à l’époque appelé nCoV-19) lors de suspicion de cas infectés

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Le CNR a développé deux tests RT-PCR, respectivement IP2 et IP4, dans le cadre de l’épidémie de Covid-19. Ces deux tests utilisent chacun trois séquences distinctes du génome du SARS-CoV-2. Il s’agit de deux séquences « amorces » qui permettent l’amplification d’une courte séquence du génome du virus et d’une séquence « sonde » qui permet la détection en venant se fixer sur les séquences amplifiées à l’aide des deux amorces. Il faut donc une correspondance du matériel génétique dans le prélèvement avec les trois séquences simultanément pour obtenir un résultat positif. Si l’une de ces trois séquences ne se fixe pas, aucun signal n’est détecté, le résultat est négatif.

Dans le cadre du test IP2, les trois séquences sont :

- « CTCCCTTTGTTGTGTTGT » et « ATGAGCTTAGTCCTGTTG » qui comptent respectivement 18 et 17 nucléotides (ce sont les deux séquences amorces)
- et la séquence « AGATGTCTTGTGCTGCCGGTA [5’]Hex [3’]BHQ-1 qui compte 21 nucléotides (elle correspond à la séquence sonde).

Le génome complet du SRAS-CoV-2 comprend un enchaînement de 30 000 bases, et celui du génome humain, 3 milliards. Comme le code génétique ne comporte que 4 bases (A, T, C, G), il arrive parfois que de petites séquences de nucléotides se retrouvent dans différents organismes, comme c’est le cas pour la séquence « CTCCCTTTGTTGTGTTGT ». En effet, l’homme mais aussi d’autres espèces animales comme le labrador retriever, le chat, le cochon… possèdent cette séquence dans leur génome.

Par contre, l’association des trois séquences est unique au SARS-CoV-2 et c’est cette singularité qui permet l’identification du virus dans les tests.’’

L’article complet est sur : https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/fonctionnement-fiabilite-tests-rt-pcr-detection-du-sars-cov-2