L’Architecte, que l’on découvre dans Matrix Reloaded, explique que la mission de l’Élu est de retourner à la source, et de « recharger » la Matrice. Or, lors du dénouement de Matrix Revolutions, Neo et l’Agent Smith fusionnent. Sachant que Neo est branché à la source dans le monde réel, alors on peut clairement déclarer que Smith est le vrai destructeur de la Matrix.

Il semble aussi, toujours selon cette théorie, que l’Oracle a berné tout le monde sur toute la ligne. Pendant la scène finale de la trilogie, durant une courte conversation, L’Architecte dit à l’Oracle : « Tu as joué à un jeu dangereux. » On peut ainsi penser que l’Oracle a tenté de faire croire au monde que Neo était l’Élu, l’encourageant à trouver la source pour l’amener à l’agent Smith, chargé alors de recharger la Matrice. En résumé, Neo ne serait qu’un « cheval de Troie ».