@Enki
Le système immunitaire s’est adapté au fil de l’évolution pendant des millénaires, par sélection naturelle de ceux ayant le système immunitaire le plus adéquat, c’est à dire attaquant tel type de microbe, et tolérant tels autres.

Vous focalisez sur cette question de pathogène, mais dans le cas d’un virus totalement inactivé, il n’est plus pathogène. Ce qui est pathogène c’est l’agent infectieux fonctionnel, non la totalité de ses constituants pris séparément, pouvant permettre de le ’’reconnaitre’’.