@Eric F

Je ne suis pas sensible à la blouse blanche ni au principe d’autorité lorsque des profits colossaux sont en jeu.
Il semblerait que cela soit votre cas.

Sinon, copié-collé : « notamment sur les exosomes dont vous imaginez qu’ils génèrent des séquences génétiques différentes de celles de l’organisme ou des germes qui l’infectent. »..

Vous n’avez toujours pas compris ce qu’est un « génome viral » ?

Et bien, à la suite d’un culture « in vitro », généralement en présence de cellules humaines, de singe vert et de bovins, des « fragments d’ARN (parfois d’ADN) sont »récupérés« dans le surnageant.

A ce stade, Eric F, je vous prie de »constater« que nous ne sommes pas en présence d’un »virus«  ! Notez le une bonne fois pour toute ! Nous sommes en présence de »fragments épars dans le surnageant« . Et dans ces fragments sont présents par milliards des fragments d’ARN exosomal !
Est-ce que cette première étape vous est difficile à comprendre ? Dites le moi. Maintenant passons à l’étape numéro 2.
Ces fragments sont à l’aide de techniques appropriées réduit en »reads« c’est à dire en fragments beaucoup plus petits. Généralement des fragments d’environ 150 nucléotides. Vous suivez jusque là ? Il n’y a pas ici de »séquences génétiques virales«  ! Nous sommes en présence de »morceaux d’ARN« d’environ 150 nucléotides (procédé illumina). Cherchez ce terme vous trouverez facilement).
Ensuite des k-mers sont utilisés par »assembler« les différents fragments. Et de k-mers en k-mers un génome est »construit« par un algorithme en faisant respecter de bons chevauchements. 

Alors expliquez nous »où sont les séquences spécifiques virales« dans cette construction ? Vous n’avez simplement pas »compris" ce que représente un génome. Il s’agit simplement d’un concept intellectuel qui nait de l’assemblage de courts fragments par un algorithme.