Les méditations métaphysiques publiées en 1642 développent celles de son Discours de la Méthode publié 5 années plus tôt.

La citation « je pense, donc je suis » est à replacer dans son contexte pour en apprécier justement la portée, mais aussi dans la phrase intégrale d’où elle a été extraite, pour connaître le principe qui en est déduit.
Son Discours livre une expérience, la sienne, son cheminement spirituel, ses méditations qu’il s’efforce de rendre simples et lisibles par tous en un petit livret « Ainsi mon dessein n’est pas d’enseigner ici la méthode que chacun doit suivre pour bien conduire sa raison ; mais de faire voir en quelle sorte j’ai tâché de conduire la mienne ».
Il exprime clairement ses pérégrinations, sa démarche, son but, « je désirais vaquer seulement à la recherche de la vérité » et après avoir reconsidéré toutes choses et rejeté ce qui ne lui paraissait pas entièrement indubitable, il arrive donc à cette conclusion qui le place au bord de son être, sans autres richesses (puisqu’il en est venu à penser que tout pouvait être faux), que celle de cette solide certitude qu’il ne peut le nier sauf à renier ce « je » qui « est », sentiment qui vaut son pesant d’or philosophal. Principe opposable à tous, inébranlable, et charpente sur laquelle s’édifie « son être ».
« Mais aussitôt après que je pris garde que, pendant que je voulais ainsi penser que tout était faux, il fallait nécessairement que moi, qui le pensais, fusse aussi quelque chose : et remarquant que cette vérité, je pense donc je suis, était si ferme et si assurée que toutes les extravagantes suppositions des sceptiques n’étaient pas capables d’ébranler, je jugeai que je pouvais la recevoir sans scrupule pour le premier principe de la philosophie que je cherchais. » (Discours de la Méthode).
On peut noter par ailleurs que dans l’expression latine exprimée « cogito, ergo sum », le latin « sum » ne distingue pas le sujet du verbe, le « je » du « suis ».