Les indemnités journalières maladie sont égales à 50% du salaire journalier de base. Celui-ci est calculé sur la moyenne des salaires des trois derniers mois travaillés précédant l’arrêt de travail. Au 1er janvier 2008, le montant maximum accordé au titre de l’indemnité journalière par l’Assurance Maladie était de 46,22€. Pour les Affections de longue durée (ALD), la maladie doit correspondre à l’une des 31 maladies répertoriées par la sécurité sociale. L’ALD permet : la prise en charge à 100% des soins par la sécurité sociale (c’est ce qu’on appelle l’exonération du ticket modérateur).

Par ailleurs, les contrôles des arrêts maladie sont rarissimes dans le secteur public. En effet, contrairement aux salariés du privé, il n’y a pas de différence entre l’employeur et l’assureur maladie dans la fonction publique. La confidentialité des motifs d’arrêt maladie vis-à-vis de l’employeur rend ainsi extrêmement difficile de contrôler les arrêts.

Dans le public, le taux de remplacement du salaire est de 100% pour 3 mois, un an, voire 3 ans et ce sans plafond. Entre le Congé maladie ordinaire (CMO) prévu pour les maladies ordinaires, qui peut aller jusqu’à 12 mois et est pris en charge par l’Etat à 100% du salaire les 3 premiers mois et 50% les 9 mois suivants, le Congé de longue maladie (CLM) d’une durée maximale de 3 ans pour maladie à caractère invalidant, le Congé de longue durée (CLD) pour les maladies graves avec lequel les agents peuvent bénéficier d’un congés de 5 ans avec 100% du traitement sur trois ans et 50% les deux années suivantes.