Excellente question  

Le GPS est très utilisé en aviation générale et sportive. Il l’a même été avant qu’il ne se généralise en automobile. Il est tout de même entendu que celui-ci n’est qu’une aide au pilotage et à la navigation et tout pilote breveté doit savoir s’en passer !

Ceci dit, les GPS donnent une vitesse sol précise alors que le badin donne la vitesse air. Toutefois couplées à un calculateur peut être restituée aussi la vitesse du vent, ce qui permet à l’occasion d’estimer une mesure momentanément perdue.

En ce qui concerne l’aviation de transport, celle-ci utilise des moyens « professionnels » de radio navigation. Ces équipements sont censés être plus précis mais ils présentent surtout la particularité d’être bien plus chers.
L’installation de GPS sur les gros avions est plus un problème réglementaire que technique.