lundi 22 juin - par Alexis Toulet

Allemagne - Le taux de reproduction du coronavirus calculé sur 4 jours remonte à 2,88 (! ?)

Une deuxième vague du coronavirus est-elle à craindre dans les semaines qui viennent  ? En France, le rythme des nouvelles contaminations détectées s’est stabilisé dans les dix derniers jours autour d’une moyenne de 450 à 500 par jour. S’il n’a pas recommencé à augmenter, il a bel et bien cessé de décroître.

En Allemagne, c’est un signe inquiétant qui vient d’apparaître.

L’institut Robert Koch, équivalent allemand de ce qu’est l’institut Pasteur en France, publie chaque jour un rapport détaillé sur la situation épidémiologique outre-Rhin.

Leur livraison du 21 juin affiche un taux de reproduction R du virus calculé sur 4 jours qui serait remonté à 2,88  ! Voir page 5 de leur rapport. Il y a là de quoi surprendre et inquiéter, sachant que c’est presque l’équivalent le taux de reproduction R0 en l’absence de toute mesure de lutte contre le virus, généralement évalué entre 3 et 4.

Plus précisément, la valeur R estimée sur les 4 derniers jours est à 2,88 (l’intervalle de confiance à 95% va de 2,16 à 3,73) et celle sur les 7 derniers jours est à 2,03 (intervalle à 95% 1,60 - 2,49). De toute façon très au-delà de la valeur charnière de 1 à laquelle le virus continue à circuler, sans s’éteindre, mais sans non plus ré-exploser.

Il faut sans doute tenir compte de l’avertissement de l’Institut comme quoi leur calcul de R est particulièrement sensible, notamment lorsque le nombre de cas est petit 

Cette valeur réagit de manière sensible aux variations à court terme du nombre de cas, comme celles causées par des épidémies individuelles. Cela peut entraîner des fluctuations relativement importantes, surtout si le nombre total de nouveaux cas est faible

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Il faut encore garder à l’esprit que ce calcul est basé sur une prévision immédiate (nowcasting) c’est-à-dire une projection de très court terme.

Mais même avec ces mises en garde, il reste que cette évaluation, qui comme l’explique l’Institut "reflète l’infection d’il y a environ une à deux semaines" est nettement inquiétante. Rappelons que la valeur R est définie comme le nombre moyen de personnes à laquelle le virus parvient à se répandre à partir d’une seule personne contaminée : s’il est inférieur à 1 la propagation du virus est en train de s’estomper, s’il est supérieur à 1 elle est en train d’exploser (exponentielle positive).

Ci-dessous, la courbe des contaminations en Allemagne en fonction du temps publiée le 21 juin - extraite de la page 6 du rapport de l’institut Robert Koch - avec traduction en français

Légende

Abscisse = Date de début de maladie

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Ordonnée = Nombre de nouveaux cas
Bleu foncé = Date de début de maladie indiqué
Gris = Date de début de maladie imputé
Bleu clair = Prévision immédiate



13 réactions


  • caillou14 rita 22 juin 08:02

    Pour information, le virus est toujours là et bien là,alors la deuxième vague on se marre seul les couillons font croire a cette cagade !

     smiley


  • rogal 22 juin 10:03

    Désignation bizarre que « taux de reproduction du virus » (je sais bien qu’elle ne vient pas de l’auteur) pour ce qui est plutôt une reproduction de l’infection.


  • Le Panda Le Panda 22 juin 11:00

    Bonjour Alexis Toulet,

    Votre article sans mettre une seconde vos avis me semble à double sens. Il ne faut pas hésiter à mettre les gens face à leur propre responsabilité. Hier des milliers de personnes dans les rues à Paris, à Nantes etc : sans aucun respect pour leur vie et celle des autres. A continuer de la sorte la seule phrase que Macron a prononcée et qui soit juste c’est que « nous sommes en guerre » Paris n’est pas et de loin la seule représentation de la France et les virus, microbes et autres ne connaissent point les frontières, départements, régions ayant eu a supporter la Covid et toujours respecté le sens de la prévention, certaines personnes sont inconscientes et permettent ainsi au virus de se transmettre. Le mot est faible mais c’est abject.

    Le Panda

    Patrick Juan 


  • Zolko Zolko 22 juin 12:35

    Il faut sans doute tenir compte de l’avertissement de l’Institut comme quoi leur calcul de R est particulièrement sensible, notamment lorsque le nombre de cas est petit

     

    en fait, c’est le seule info scientifique : en effet, les nombre de cas est tellement faible que le découverte d’un « filon » de cas le fait exploser et fait croire à une vague, alors qu’en fait il s’agit seulement des 1000 employés d’une même entreprise un abattoir qui ont été testés positifs. Seulement, ce ne sont pas de nouvelles infections, mais la nouvelle découverte d’infections anciennes : ce n’est pas ces 3 derniers jours que ces 1000 personnes se sont infectées, mais il y a des semaines, et c’est seulement maintenant qu’elles ont été testées.

     

    Cette notion de R0 ne marche que si les tests sont fait en masse et sur la population en entier, ou tout du moins un échantillon large et représentatif, tiré au sort. Mais surtout pas sur un groupe restreint de personnes ayant continué à travailler pendant le confinement (industrie agro-alimentaire !).

     

    Ces chiffres publiées par le RKI sont hyper-localisées, les présenter comme si c’était toute l’Allemagne qui partait pour une deuxième vague est de la malhonnêteté intellectuelle. C’est comme si vous disiez qu’il y a 50% de skieurs en France en voyant les départs des TGV au début des vacances de février : tout le monde voit bien que ce serait stupide. Alors pourquoi le faire ici ?


    • Sylv1 22 juin 17:45

      @Zolko
      Votre remarque est pleine de bon sens.
      Malheureusement, on a bien compris que le but de tous les gouvernements était de faire durer le plaisir avec une 2ème vague, quitte à ce que celle-ci soit minime, voire inexistante. Mais j’ai bon espoir que tout soit terminé d’ici septembre prochain.


  • zygzornifle zygzornifle 22 juin 16:56

    On va rigoler maintenait que tout le monde se côtoie sans masque ….


  • I.A. 22 juin 18:07

    Bonjour monsieur. En réaction à votre article, j’ai une petite fiction à vous conter. Vous verrez, c’est très stimulant :

    "Merde. l’indicateur R est supérieur à la norme. Les escouades sont lâchées dans les rues, elles occupent l’espace public, contrôlent les masques des passants, les empêchent d’aller par groupe, prennent la température.

    La demoiselle masquée croit qu’elle me sourit. Mais elle se trompe : tout en elle respire la soupe à la grimace. Elle fait partie de la Mascarade, l’inquisition de l’Eglise-Bonne-Santé. Elle m’arrête, lève son arme, vise mon front, appuie sur la détente.

     37°2 ! Vous pouvez y aller, monsieur ! dit-elle.

    Elle sourit à nouveau sous son masque, et elle croit que je lui souris en retour. Sauf qu’elle se trompe encore : c’est la même soupe à la grimace.

    Hier, ils ont choppé une centaine de personnes, un gros coup de filet, disaient les journalistes, un énorme cluster de Résistance. De sales hérétiques. Des gros dégueulasses. Voilà ce que ça fait, de ne pas se frictionner les mains au gel hydroalcoolique très-très régulièrement ! Ils leur ont collé une sacrée amende. Ceux qui ne peuvent pas payer feront 15 jours de camp de réadaptation !

    Je baisse le masque pour respirer un peu, certains s’en aperçoivent, ils font un pas de côté, s’écartent d’un roulé de hanche, on dirait des danseuses, tout en contournements, en gestes et manières. D’autres saisissent carrément leur portable pour me dénoncer. Je remets vite ma muselière.

    Mon mobile sonne. C’est Adèle. L’école l’a appelée : le petit a le nez qui coule et une toux grasse. Elle doit aller le chercher. Merde. C’est la 4ème fois ce trimestre, elle va finir par perdre son job. Et le petit ne supporte plus les PCR, ça l’a fait saigner, l’autre jour...

    Punaise, si ça se trouve, c’est son grand frère qui lui a refilé le dernier SARS-CoV... Les deux gamins à garder, la nounou va augmenter ses tarifs. Merde et merde.

    Nouvelle sonnerie... Bon c’est plié : ils disent qu’on a dîné à côté d’un couple de contaminés, le soir du 14 février, au restau.

    Remerde !!...


    Bien à vous.


  • alinea alinea 22 juin 18:15

    Ils ont donc testé ici ceux qui avaient été testés négatifs il y a un mois, par exemple, et qui tout soudain deviennent positifs ? Puisque l’on est testé positif aussi quand on l’a eu et qu’on en est guéri, n’est-ce pas ?

    Sinon, on dirait BFMTV début mars : affolement sur les plateaux : un cas a été trouvé à Toulouse ! Il n’est pas étonnant que tous les téléphiles en aient perdu le sens commun !


  • Michael Gulaputih Michael Gulaputih 23 juin 09:48

    @ l’auteur

    Vous vous êtes focalisé sur ce R0=2,88.

    Sans entrer dans une polémique liée à cette notion subjective (quant à son concept même) et à son utilisation par les Politiques, en ce début de page 5 que vous citez, vous aviez les 4 villes/Kreis qui plombent les stats ( LK Gütersloh, LK Warendorf, SK Magdeburg und SK Berlin Neukölln ).Vous en aviez même les causes :

    • pour les 2 premières c’était à cause d’un abattoir (voir ici)
    • pour la 3ième la cause n’est pas exprimée
    • pour la 4ième c’est dû à une communauté religieuse

    Et il ne s’agit pas de n’importe quel abattoir, il s’agit de l’empire Tönnies, empire de la viande à bas coût qui provoque actuellement en Allemagne une énorme polémique. On accuse cet empire d’avoir corrompu les politiciens de la CDU.

    .

    La carte du RKI du document que vous citez donne en page 3 une image beaucoup moins catastrophiste de la situation qui pour l’essentiel est en passe de résolution. Reprenez votre document page 2 : dans 146 Kreis (sur 294) il n’y a eu aucun nouveau cas en 7 jours.

    .

    Comme ça au pif, exactement une semaine avant le même doc mais du 14/06/2020. on ne pointe plus les mêmes Kreis du doigt mais les mêmes causes :

    abattoirs et congrégations religieuses.

    .

    Ce qui ressort clairement du doc que vous citez c’est que la promiscuité (donc un confinement pour le personnel des abattoirs qui sont entassés à plusieurs par chambrées dans des dortoirs de fortune et idem pour les congrégations religieuses) est la cause principale de ces résurgences locales.

    C’eût été bien de l’avoir publié. smiley


  • BA 23 juin 15:45

    Mardi 23 juin 2020 :


    Coronavirus : l’Allemagne réintroduit un confinement local, le Portugal reconfine la région de Lisbonne.


    https://www.lejsl.com/sante/2020/06/23/coronavirus-le-portugal-reconfine-la-region-de-lisbonne



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