En 1943, Amin el-Husseini, qui avait formé des troupes musulmanes bosniaques – les « Divisions Hanjar » (Sabre)- sorte de Waffen SS musulmans, qu’il avait personnellement recrutées pour Hitler. Hanjar devint la division nazie la plus importante du troisième Reich (26 000 hommes) et participa activement au génocide des populations serbes et juives.
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Le Mufti, sponsorisé par l’Allemagne nazie, participa à la solution finale.

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Il se rendit en mars 1944 à Auschwitz, le plus grand camp de concentration et d’extermination d’Europe, où il admonesta les gardes, près des chambres à gaz, en leur enjoignant de travailler plus diligemment.