« Aujourd’hui que le savoir a grandement envahi les cœurs, ... »
De quel savoir parlez-vous : la connaissance rationnelle ? C’est l’intellect qu’elle alimente, les cœurs, elle ne peut tout au plus les dessécher ! 
Quant au réel, même à en purger ou castrer notre ressenti, nos émotions, notre imaginaire, nos rêves et représentations, nos souvenirs, la connaissance rationnelle et la méthode scientifique ne peuvent qu’en embrasser - de la vitesse de la lumière au zéro absolu, du big-bang à l’entropie de l’univers ou la masse manquante et les trous noirs - une part extrêmement réduite et limitée !

« ... il faut bien noter qu’à défaut de prophètes nouveaux qui nous révéleraient une nouvelle parole divine adaptée au progrès de la science ... »
Jamais entendu parler du transhumanisme ? Rassurez-vous, nous sommes mortels et les prophètes du marketing bio-tech sont à la relève pour prêcher les bienfaits d’une vie « saine », des compléments alimentaires et de la dévotion aux secours du dieu dollar ! Rien d’antinomique, il suffit d’adapter le baratin aux angoisses du jobard ! 

La différence entre l’athéisme et « ma » foi n’est elle pas que là où - au delà de toute connaissance rationnelle - l’athéisme se confronte au néant, le bouddhiste situe la vacuité et l’adepte des religions du Livre cherche l’Unique. Et comme, par définition, l’Unique comprend pour qui y ajoute foi toute contradiction puisqu’elle en émane, le processus créatif relevant - en tout cas dans la Genèse - d’un processus de discrimination et de discernement progressif par l’énonciation des dualités successives qui le composent : Ciel/Terre, Lumière/Obscurité, Jour/Nuit, Soir/Matin, ... Ce qui fait très poétiquement débuter l’Evangile selon Saint-Jean par « Au commencement était le Verbe ».

« ... mais la victime du Mal, quel est son libre arbitre à elle ? C’est pourtant une question essentielle. »
Pas que pour la victime du Mal, la question est générale : que ce soit pour l’athée ou le croyant, le libre arbitre n’émerge qu’à la pointe des innombrables déterminismes (génétiques, biologiques, historiques, environnementaux, linguistiques, sociaux, culturels, éducatifs, psychologiques, ...) qui nous constituent et nous modèlent.
Croyez bien que 27 ans de carrière à l’encadrement éducatif dans des homes d’hébergement pour personnes affectées de handicaps physiques, mentaux, psychiatriques et/ou neurologiques n’y laissent pas indifférent, comme aux questions de la douleur, de la souffrance, de la beauté, de la normalité, de la folie, ... ! Là ou l’athée ne trouve que hasard, déterminisme et absence de sens, moi croyant, je persiste à postuler le sens et continue à m’interroger sur les mystères de la destinée !

Quant à l’option que vous mentionnez d’une servitude volontaire et d’une soumission aveugle à l’obscurantisme d’une norme religieuse passée ou présente, c’est indéniablement le cas pour certains « croyants » !
Mais je ne peux quant à moi vous exprimer le vécu personnel de ma foi que comme grâce, force et inaliénable liberté ! J’entends bien chaque voie comme unique et parfaitement honorable, pourvu qu’elle respecte l’intime conviction, et l’athéisme est une position parfaitement respectable !
D’un point de vue « éclairé », le libre arbitre étant attribué à l’Homme lors de sa création, nul n’est sommé d’entendre une « grâce » si elle ne lui est personnellement addressée, et les desseins de la Providence sont de longue date réputés impénétrables ! 

Du moins ne vous leurrez pas : si la foi me donne - parfois - force de supporter ou surmonter le désespoir, elle ne m’en préserve pas plus que du doute, ou le cas échéant du bonheur d’exister ! 

En vous présentant mes cordiales salutations !