@pemile
 
Il faut relire pemile, relire encore. Si confusion il y a c’est de la part de pemile. Alors voilà, cadeau. Prenez en de la graine !

... « Les virologues qui souhaitent découvrir des virus procèdent de la façon suivante, très généralement. Ils prélèvent un «  échantillon de sécrétion chez un malade ». Cet échantillon est mis en « culture  » afin de favoriser le développement de « potentiels virus  » que contiendrait cet échantillon. C’est ce que les virologues appellent « isoler » et « purifier » les virus. Et la question qui se pose est bien celle de savoir ce que contient la « culture » en observation ? Et bien, la virologie procède ainsi.

Des cellules VERO sont introduites dans la culture. Il s’agit de cellules rénales de singe vert africain (Chlorocebus sabaeus). Ces cellules sont utilisées en biologie parce qu’elles présentent une anomalie génétique : elles sont incapables de produire de l’interféron de type I (IFN-I). Cette « caractéristique » est mise à profit par les virologues puisque l’IFN-1 absent ne permet plus à ces cellules d’actionner correctement leur défense immunitaire. Les « potentiels virus » pourront donc prospérer. A cette culture est encore ajouté un élément « nutritif ». Il s’agit, généralement, de « sérum foetal bovin ». Et, pour éviter que des « bactéries » ne viennent proliférer dans la culture, des « antibiotiques » y sont rajoutés, ainsi que des agents chaotropiques pour provoquer la dégradation des protéines.

Une fois que tout ceci est en place, la culture est mise en observation et on y recherche les « virus ». Et, ce que les virologues y trouvent, ce sont des « fragments d’ADN ou d’ARN ». Et ces « fragments » sont attribués, par « hypothèse  » à du matériel viral. L’identification du « virus » proviendra de l’analyse et de l’assemblage de ces fragments à l’aide de techniques de « bio-informatiques ».

C’est à l’aide de la PCR que ces fragments sont identifiés dans la culture. Mais, pour que la PCR fonctionne et démarre, elle doit savoir ce qu’elle est supposée rechercher. La PCR réagit par conséquent à des « amorces » qui lui sont proposées par les virologues.

Et le séquençage, pemile, n’intervient qu’après la découverte des fragments d’ADN ou d’ARN. Et ces fragments »découverts« sont pulvérisés en fragments plus petits afin de permettre leur séquençage. Et ce sont des »logiciels d’assemblage« qui vont »construire«  »fictivement« , un génome complet

Vous retrouvez votre chemin ? Vous remettez vos neurones dans le bon ordre ? Parce que confondre »culture in vitro« et »séquençage", c’est pas brillant !

 
A suivre....