Le microbiome parlons-en. 

Les bactéries ont leur propre écologie. Elles ne « servent » pas l’être humain. Ceci une vision anthropocentrée.

Les bactéries vivent, interagissent et évoluent au sein de systèmes dynamiques, en relation avec leur environnement et entre elles. Il n’y a pas de « bonnes bactéries ». Chaque espèce bactérienne occupe une niche écologique, c’est-à-dire un ensemble de conditions dans lesquelles elle peut survivre, se reproduire et perpétuer l’espèce. 

Dire qu’une bactérie est « amie » suppose qu’elle existe pour nous être bénéfique, ce qui est biologiquement faux. Les bactéries n’ont aucune finalité morale ou intentionnelle, poursuivent simplement leur propre stratégie de survie, peuvent être neutres, bénéfiques ou pathogènes selon le contexte.

L’être humain, toujours, partout, tout le temps, met des barrages et des systèmes de défense pour se prémunir des attaques bactériennes et de leurs toxines. L’organisme humain n’a aucune « pensée » pour les bactéries, la seule chose qui compte pour lui s’est d’assurer sa défense contre les pathogènes extérieurs. Et les bactéries qui ont colonisées tous nos orifices, sont des agents pathogènes. Si les bactéries produisent des acides gras à chaîne courte, que l’être humain va exploiter, c’est un concours de circonstance. Ces AGCC sont des déchets de l’activité bactérienne, rien d’autre. Ils ne sont pas produits pour « faire plaisir » à l’organisme humain. 

Il n’y a donc pas à se soucier de son ou ses microbes. Dans les intestins le microbiote est simplement le reflet de notre alimentation. 

Parler de «  bactéries amies » est une métaphore utilitaire pour un public non spécialiste, mais scientifiquement réductrice. Elle reflète un biais anthropocentré  : on juge les micro-organismes en fonction de ce qu’ils font pour ou contre nous, au lieu de comprendre qu’ils existent indépendamment de notre intérêt, dans un monde écologique autonome, fluide, et bien plus complexe.